دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد از سال ۱۳۹۵ تا کنون در برنامه ثبت ملی ۸ بیماری فعال می باشدکه در مجموع حدود ۶۰۰۰  مورد بیماری تا کنون توسط این مرکز شناسایی و ثبت شده است. این برنامه ها به شرح زیر می باشند:

۱- ثبت ملی بیماری سلیاک                                 cddrc.tums.ac.ir

۲- ثبت ملی سکته های مغزی                          ircvt.tbzmed.ac.ir

۳- ثبت ملی بیماری ام اس                               msreg.tums.ac.ir

۴- ثبت ملی بیماری های قلبی-عروقی                                 pcvd.ir

۵- ثبت ملی سنگ های ادراری                clinic.synapsgroup.com

۶- ثبت ملی بیماری کیست هیداتید                                kmu.ac.ir

۷- ثبت ملی بیماری استئوآرتریت                             rrc.tums.ac.ir

۸- برنامه ثبت ملی بیماری مینییر                  hregistry.gums.ac.ir